A més de les substàncies nocives, hi ha innombrables bacteris i virus a les aigües residuals. Per tant, la desinfecció amb clor s'utilitza àmpliament per matar bacteris i virus a l'aigua durant l'etapa d'efluent de l'aigua de l'aixeta i les plantes de tractament d'aigües residuals.
En el tractament de l'aigua de refrigeració de circulació industrial, el clor també s'utilitza per esterilitzar i eliminar les algues. En el procés de refrigeració de la circulació de l'aigua, a causa de l'evaporació d'una part de l'aigua, els nutrients de l'aigua es concentren i els bacteris i altres microorganismes es multiplicaran en grans quantitats i formaran fàcilment brutícia de llim. Massa brutícia de llim provocarà l'obstrucció de la canonada i la corrosió.
La cloració sol implicar injectar clor a l'aigua per matar bacteris i altres microorganismes, generalment en clor embotellat.
Per mantenir l'efecte bactericida, el clor residual s'ha de mantenir sempre a {{0}},5 ~ 1 mg/L a l'aigua abocada i al final de la xarxa de subministrament d'aigua a 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.