El principi de desinfecció de l'hipoclorit de sodi inclou principalment tres aspectes:
L'àcid hipoclorós es forma mitjançant la hidròlisi i l'àcid hipoclorós es descompon encara més per formar nou oxigen ecològic. La forta propietat oxidant del nou oxigen ecològic desnaturalitza substàncies com les proteïnes en bacteris i virus, matant així microorganismes patògens.
L'àcid hipoclorós pot penetrar en bacteris (virus) i reaccionar amb polímers orgànics com proteïnes bacterianes (virals), àcids nucleics i enzims, matant així microorganismes patògens.
Els ions clorur produïts per l'àcid hipoclorós poden canviar significativament la pressió osmòtica de bacteris i virus, fent que les seves cèl·lules perdin activitat i morin.